> fn <- "/home/moloy/dada2/SAE1903_demux_R2.fq" > foo <- readLines(fn) > seqlens <- sapply(foo[seq(2,length(foo),4)], nchar) > quallens <- sapply(foo[seq(4,length(foo),4)], nchar) > table(seqlens); table(quallens) seqlens 0 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 21642 7 83 13 90 7116 11902 13347 12361 7150 344 4336 80395 82735 quallens 0 289 290 291 292 293 294 295 296 297 298 299 300 301 18190 7 97 14 94 7524 12802 14267 13054 7662 344 4336 80395 82735 > which(seqlens != quallens) 188 223 303 325 327 402 746 1016 1027 1074 1094 1272 1297 1371 1390 1410 1430 1436 1485 1486 1574 1594 1603 1781 1833 1850 1903 2017 2104 2143 2235 2284 2823 3014 3016 3060 3062 3074 3077 3126 3127 3149 3218 3224 3274 3324 3409 3598 3614 3706 3785 3794 3836 3840 3847 3955 4264 4292 4294 4374 4432 4536 4543 4578 4614 4664 4674 4731 4840 4896 4902 4919 4928 5004 5020 5028 5192 5292 5297 5323 5327 5344 5403 5454 5456 5502 5538 5558 5704 5735 5739 5741 5771 5807 5809 5877 5881 5978 6037 6134 6222 6252 6261 6270 6312 6351 6384 6410 6412 6460 6465 6486 6561 6593 6623 6679 6682 6724 6760 6824 6838 6854 6996 7047 7080 7082 7113 7235 7254 7258 7283 7335 7357 7376 7470 7498 7543 7610 7651 7688 7700 7714 7776 7795 7809 7953 8563 8676 8780 8789 8834 8851 8869 8911 8960 9015 9155 9160 9199 9226 9228 9229 9240 9269 9335 9346 9381 9435 9465 9473 9493 9520 9601 9623 9680 9693 9747 9765 9790 9811 9858 9873 9883 9988 10008 10037 10064 10147 10181 10199 10230 10264 10266 10299 10402 10407 10435 10453 10497 10520 10595 10607 10609 10612 10717 10814 10868 11010 11054 11086 11106 11154 11192 11305 11346 11480 11497 11506 11530 11542 11620 11642 11643 11664 11665 11717 11754 11767 11789 11834 11871 11885 11887 11914 11949 12004 12048 12076 12490 12684 12810 12904 12930 12951 12954 12971 12997 13061 13096 13118 13157 13179 13216 13240 13250 13412 13428 13491 13507 13518 13656 13716 13771 13837 13902 13939 13969 14040 14101 14159 14168 14321 14335 14398 14472 14493 14510 14590 14598 14644 14719 14748 14816 14821 14828 14835 14950 14968 15014 15047 15048 15076 15106 15108 15136 15145 15153 15167 15169 15172 15178 15202 15206 15246 15336 15343 15390 15420 15445 15466 15488 15496 15503 15506 15541 15593 15595 15626 15638 15648 15655 15660 15668 15672 15696 15780 15865 15918 15958 15983 16076 16119 16237 16274 16438 16452 16494 16495 16497 16535 16536 16650 16660 16706 16769 16883 16887 16911 16964 16990 17010 17243 17254 17572 17710 17826 17860 17863 17871 17915 17927 17945 17951 18032 18046 18103 18142 18302 18334 18387 18428 18477 18510 18608 18666 18675 18714 18717 18724 18767 18825 18855 18899 18919 18939 18990 19042 19081 19083 19096 19115 19139 19167 19255 19265 19275 19296 19360 19373 19382 19386 19394 19410 19417 19430 19433 19451 19489 19514 19539 19551 19571 19596 19627 19638 19648 19722 19757 19776 19781 19808 19846 19866 19872 19875 19902 19913 19945 19946 19955 19967 19988 20232 20243 20280 20347 20351 20449 20479 20540 20569 20582 20632 20698 20763 20810 20844 20850 20916 20944 20992 21002 21100 21128 21156 21250 21281 21289 21307 21401 21411 21434 21436 21560 21574 21623 21725 21750 21791 21799 21810 21848 21870 21913 21932 21963 21971 21991 21992 22058 22067 22109 22129 22136 22179 22195 22329 22334 22372 22380 22401 22429 22460 22485 22506 22526 22539 22560 22572 22591 22599 22646 22675 22681 22718 22730 22753 22772 22844 22862 22866 22875 22948 22953 22980 23218 23445 23696 23800 23857 23893 23925 23939 23958 24052 24055 24071 24116 24152 24153 24160 24206 24207 24232 24403 24468 24485 24519 24677 24745 24753 24794 24807 24862 24905 24947 24957 24960 24973 24979 24987 25025 25043 25047 25155 25156 25170 25194 25210 25233 25252 25254 25300 25353 25367 25369 25375 25395 25412 25472 25537 25557 25574 25587 25588 25596 25647 25768 25818 25842 25861 25890 25901 25907 25912 25983 25996 26044 26122 26236 26260 26295 26304 26392 26398 26421 26437 26444 26445 26472 26476 26524 26536 26543 26648 26658 26685 26789 26799 26820 26892 26921 26930 26951 26990 26995 27075 27083 27114 27208 27214 27222 27237 27260 27316 27330 27358 27361 27476 27546 27600 27663 27670 27674 27680 27761 27798 27805 27854 27929 27941 27952 27986 28008 28045 28058 28094 28101 28130 28253 28273 28291 28309 28318 28349 28407 28421 28719 28840 28927 28955 29043 29198 29373 29394 29427 29468 29503 29510 29537 29548 29558 29589 29659 29670 29700 29729 29854 29881 30019 30022 30030 30099 30104 30170 30182 30296 30326 30342 30373 30483 30587 30602 30615 30625 30630 30657 30710 30723 30815 30842 30881 30892 30909 30917 30943 30999 31058 31067 31108 31133 31204 31208 31213 31224 31268 31319 31354 31360 31396 31408 31434 31440 31453 31464 31481 31520 31559 31583 31593 31644 31664 31691 31751 31760 31767 31770 31794 31810 31822 31827 31869 31891 31956 31991 32017 32172 32331 32357 32365 32367 32388 32413 32466 32490 32511 32555 32575 32623 32624 32647 32681 32686 32704 32731 32782 32785 32786 32820 32832 32840 32885 32918 33042 33079 33107 33116 33123 33151 33184 33292 33316 33362 33366 33369 33374 33376 33459 33510 33511 33513 33544 33580 33628 33714 33797 33969 34013 34033 34075 34095 34112 34142 34269 34350 34379 34384 34492 34507 34702 34704 34757 34793 34910 35161 35268 35423 35517 35550 35599 35613 35654 35668 35745 35765 35839 35845 35851 35929 35946 36137 36142 36165 36224 36254 36265 36280 36297 36311 36344 36345 36373 36400 36429 36443 36502 36547 36572 36587 36603 36691 36716 36723 36749 36900 36907 36913 36940 37007 37200 37258 37285 37399 37402 37440 37500 37561 37574 37576 37585 37591 37623 37630 37638 37640 37698 37789 37835 37857 37891 37949 38014 38032 38094 38100 38169 38170 38197 38201 38239 38240 38257 38268 38355 38378 38477 38505 38524 38595 38622 38663 38761 38984 39019 39050 39051 39060 39068 39094 39109 39212 39224 39225 39267 39342 39357 39370 39388 39456 39460 39462 39467 39509 39527 39529 39532 39540 39543 39565 39574 39588 39597 39694 39717 39726 39738 39759 39766 39771 39798 39856 39917 40001 40040 40075 40095 40118 40183 40207 40226 40345 40354 40437 40449 40452 40561 40633 40771 40983 41045 41100 41112 41115 41137 41158 41177 41223 41230 41300 41372 41405 41413 41429 41433 41447 41465 41505 41553 41634 41636 41685 41731 41798 41893 41897 41931 41964 41969 42019 42033 42049 42075 42104 42214 42215 42250 42278 42281 42342 42369 [ reached getOption("max.print") -- omitted 2452 entries ] > fn <- "/home/moloy/dada2/SAE1903_demux_R1.fq" > foo <- readLines(fn) > seqlens <- sapply(foo[seq(2,length(foo),4)], nchar) > quallens <- sapply(foo[seq(4,length(foo),4)], nchar) > table(seqlens); table(quallens) seqlens 279 281 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 1 1 1 1 12 43 162 714 99722 140313 2 4 239 294 306 quallens 279 281 283 284 285 286 287 288 289 290 291 292 293 1 1 1 1 12 43 162 714 99722 140313 2 4 239 294 306 > which(seqlens != quallens) named integer(0)